Hipoterapija se indikuje od strane lekara, sprovode je specijalno obučeni terapeuti koji evaluiraju svakog pacijenta ponaosob da bi se utvrdile mogućnosti uključivanja u hipoterapiju kao jednog od modaliteta strategije tretmana.
Hipoterapeut konačno procenjuje stanje i odgovoran je za sigurnost pacijenta, za pravilno vodjenje konja i pravilnu pomoć asistenta.

Terapeuti blisko saradjuju sa vodičem konja da bi iskoristili različite aspekte pokreta konja, položaja, opreme i vrste aktivnosti kako bi osmislili najbolji plan časa i dobili očekivane rezultate.

Indikacije i kontraindikacije hipoterapije

Indikacije za hipoterapiju su sledeće dijagnoze:
Cerebralna paraliza, multipla skleroza, posledice cerebrovaskularnog insulta, posledice traumatske povrede mozga, paraplegija, reumatoidni artritis, spina bifida, mišićna distrofija, amputacije, mentalna retardacija, Daunov sindrom, autizam...

Kontraindikacije za hipoterapiju su:
Iskrivljenja kičme veća od 30%, nestabilnost kičme, artroze i luksacije kukova, teža osteoporoza i patološki lomovi kostiju, hemofilija, otvorene rane (dekubitusi), nekontrolirani epileptički napadi, cerebrovaskularne smetnje zbog aneurizme ili angioma i medikamentozna terapija koja utiče na koagulaciju krvi.